如果学校要求查重时包含参考文献内容，那么删掉参考文献进行知网查重后会影响到最终的查重结果，会和学校查重后的结果不一致；如果学校不要求查重时包含参考文献内容，那么删掉参考文献进行查重后不会有任何影响，且查重后的结果也会和学校保持一致。因此知网查重时是否删除参考文献需要查看学校的查重要求，并且建议学生在提前查重时，仔细查看学校公布的查重标准。