GEO、TCGA&ICGC测序数据下载?
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发布时间：2024-10-23 20:54
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时间：2024-11-07 00:34
在科研工作中，我们常常能利用现有的开源高通量数据来达到研究目标。今天，就为大家介绍三种获取测序数据的便捷途径：GEO、TCGA和ICGC。
GEO是NCBI下属的数据库，收纳全球研究者上传的芯片和测序数据。GEO数据有五种组织形式：GPL、GSM、GSE、GDS和GEO profiles，其中GPL、GSM和GSE是原始数据，GDS和profiles则是经过筛选和整理的。GEO数据格式多样，包括SOFT、MINiML、Series Matrix files和Supplementary files等。比如GPL的annotation文件有助于芯片探针到基因名的转换，GSE则包含样本表达矩阵和平台信息。
TCGA，即癌症基因组图谱计划，提供大量癌症样本数据，如基因组、表观基因组等，对癌症研究和治疗有重大贡献。从官网下载TCGA数据，可通过网页界面或gdc-client工具，包括直接搜索下载和工具下载两种方式。
ICGC，国际肿瘤基因组协会，目标是全球协作研究，收集和分析肿瘤基因组数据。原始数据下载有限，主要在Data repository，而DCC Data releases和Cancer projects中的数据则更易获取，包括整理过的生物样本和临床信息。
无论是GEO、TCGA还是ICGC，下载数据时，选择直接链接或利用官方工具，都能帮助我们高效地获取所需信息。这些数据库的资源丰富，对科研人员的研究工作具有很大价值。
