粗粒化力场—Martini-3介绍: Section B
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发布时间：2024-10-24 11:10
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时间：2024-11-10 23:12
Martini-3是Martini-2力场的升级，需要先理解Martini系列的起源，如 Marrink S. J.等人在2007年的文章。本文是关于Martini-3力场参数化的详细介绍，参考了Souza等人在2021年发表的研究(Souza, P.C.T. et al., Nat Methods 2021)。
参数化策略的核心在于定义势函数和校准验证体系，Martini-3保持了与前版本相同的成键和非键相互作用形式。非键相互作用采用LJ势，截断半径设定为1.1nm，尽管这可能导致液相范围受限。为避免冻结问题，Martini-3需考虑特定化合物的极性，如防冻结水粒子和极性高的化合物。
Martini-3的参数化不仅考虑了LJ势的局限，还侧重于那些可以定量的特性，如配分和混溶性，这些是通过粒子间相互作用参数化的主要目标。模型的模块化设计允许通用粒子代表不同的化学基团，但需平衡多个因素，如原子到粒子映射、成键参数等。
在B1部分，粒子大小和质量是关键，Martini-3使用R、S和T粒子来模拟不同大小的化学片段，大小的选取考虑了分子的对称性和形状。质量和大小的选择也影响模型的动态性和稳定性。
在有机模块中，Martini-3通过多精度模型建立和优化，确保平衡粒子间相互作用，并通过实验校准进一步细化。整个过程注重保持自相互作用和疏水性的合理趋势，以反映真实有机分子的行为。
尽管Martini-3的参数化增加了实验验证，但仍有一些未经过直接验证的点，这时依赖于混溶性来保持相分离趋势。参考文献提供了更多关于模型和方法的深入讨论。
